O principal acesso ferroviário ao município é a Variante Boa Vista-Guaianã da antiga Fepasa, que liga Indaiatuba às cidades de Campinas e Mairinque, sendo responsável pelo escoamento de soja, café, açúcar e minérios e possuindo um dos maiores movimentos ferroviários do Brasil. A variante faz parte do Corredor de Exportação Araguari-Santos e se encontra atualmente sob concessão da Rumo Logística. No entanto, nunca recebeu trens de passageiros desde a época de sua inauguração.^[36][37]

No passado, Indaiatuba possuía um entroncamento ferroviário entre o Ramal de Campinas e o Ramal de Piracicaba e um segundo entroncamento entre este último ramal e o Ramal de Jundiaí, todos originários da antiga Companhia Ytuana de Estradas de Ferro e pertencentes à antiga Estrada de Ferro Sorocabana. O primeiro entroncamento ocorria no bairro de Itaici, onde possibilitava baldeações entre os passageiros que ali desembarcavam dos trens. O segundo ocorria na Estação Francisco Quirino, onde novamente possibilitava baldeações entre ambos. O Ramal de Jundiaí foi totalmente desativado e suprimido pela própria Sorocabana no ano de 1970.^[38]

Sob a administração da Fepasa, foram realizadas inúmeras modificações de linhas e ramais e iniciou-se a construção da Variante Boa Vista-Guaianã, o que aos poucos, foram desativando o transporte de passageiros e de cargas em ambos os ramais. O Ramal de Campinas foi desativado localmente para cargas e passageiros no final dos anos 1980, sendo posteriormente erradicado. No entanto, a Estação de Pimenta, pertencente ao antigo ramal foi incorporada a então nova variante da Fepasa, sendo a única que teve o seu leito ferroviário mantido. O Ramal de Piracicaba foi desativado para passageiros em 1977 e para cargas em 1990, quando circularam os últimos trens. Em 1991, os trilhos deste também foram retirados da cidade.

Fonte: Wikipédia